Tugas dan Fungsi Pemerintah Provinsi Maluku diatur dalam Peraturan Daerah Provinsi Maluku Nomor 6 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Provinsi Maluku sebagai pelaksanaan Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah dan Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah, adanya Peraturan Perundang-undangan yang mengakomodir perubahan kebijakan Pemerintah terhadap penyelenggaraan urusan pemerintahan daerah, peningkatan kinerja dan kapasitas kelembagaan daerah, serta upaya untuk menciptakan organisasi perangkat daerah yang tepat fungsi dan tepat ukuran (right sizing) agar mampu mendukung percepatan Reformasi Birokrasi.

Dalam Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 dan Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 ditegaskan bahwa dalam penyelenggaraan pemerintahan daerah, kepala daerah dibantu oleh perangkat daerah yang terdiri dari unsur staf yang diwadahi dalam Sekretariat Daerah, unsur pelaksana urusan pemerintahan yang diwadahi dalam dinas daerah, unsur pelaksana fungsi-fungsi penunjang urusan pemerintahan daerah yang diwadahi dalam badan daerah, unit kerja yang melaksanakan fungsi khusus yaitu Inspektorat dan Satuan Polisi Pamong Praja. Sedangkan DPRD dibantu oleh Sekretariat DPRD yang bertugas memberikan pelayanan administrasi kepada DPRD dalam melaksanakan fungsi DPRD.

Sekretariat Daerah yang dipimpin oleh Sekretaris Daerah, mempunyai tugas membantu kepala daerah dalam penyusunan kebijakan dan pengkoordinasian administratif terhadap pelaksanaan tugas Perangkat Daerah serta pelayanan administratif. Sedangkan Sekretariat DPRD yang dipimpin oleh Sekretaris DPRD bertugas untuk menyelenggarakan administrasi kesekretariatan, menyelenggarakan administrasi keuangan, mendukung pelaksanaan tugas dan fungsi DPRD, serta menyediakan dan mengoordinasikan tenaga ahli yang diperlukan oleh DPRD dalam melaksanakan fungsinya sesuai dengan kebutuhan.

Inspektorat Daerah mempunyai tugas membantu kepala daerah membina dan mengawasi pelaksanaan Urusan Pemerintahan yang menjadi kewenangan Daerah dan Tugas Pembantuan oleh Perangkat Daerah.

Dinas Daerah dibentuk untuk melaksanakan Urusan Pemerintahan yang menjadi kewenangan Daerah.

Badan Daerah dibentuk untuk melaksanakan fungsi penunjang Urusan Pemerintahan yang menjadi kewenangan Daerah, yang meliputi perencanaan, keuangan, kepegawaian, pendidikan dan pelatihan, penelitian dan pengembangan, penghubung daerah provinsi, serta fungsi penunjang lainnya sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.